Metode yang dipakai di Pesantren Darun Nuhat adalah metode Manhaji (Praktis, Aplikatif Mudah, dan Menyenangkan) yang bisa dipelajari oleh semua kalangan; baik anak kecil, orang dewasa, para akademisi, lembaga formal seperti Pesantren, SMP-SMA, Perguruan tinggi, dan masyarakat umum.
Metode yang kami terapkan ini berbeda dengan metode-metode yang sudah ada. Yaitu dengan mengedepankan praktik daripada teori, metode terjemah Nahwiyah al-Quran, Hadits dan Mahir menguasai kitab-kitab klasik para Ulama’ (kitab kuning). Majalah, koran dan berita-berita yang berbahasakan Arab. Dengan metode ini maka semua kalangan bisa mempelajarinya, baik yang ingin mempelajari al-Qur’an, Hadits atau yang lainya.
Metode ini adalah sebuah hasil dari perjalanan panjang pengalaman mengajar selama kurang lebih lima belas tahun, sebuah metode yang mengabungkan teori yang dipakai pondok pesantren salaf (tradisional), Pondok pesantren Modern dan study di Timur Tengah.